有时候，存放的圣水会因为受污染、变质或不再洁净，而不宜继续用于祈祷与祝福。
常见的状况包括：
圣水里掉进了灰尘、虫子或杂物
有人把手伸进圣水盆里清洗
圣水被混入了其他液体
放置太久，出现异味
盛放圣水的容器非常脏，影响了水质
当圣水已不再洁净时，不可像普通的水那样随便倾倒，应以恭敬的方式处理。

一、若堂区有“圣洗槽”（Sacrarium）
“圣洗槽”是设在祭衣间的一种特别的水槽，下水口直接通向土壤，而不是排入下水道。
将圣水倒入这里，是把曾受祝福的水恭敬地回归大地。
二、若堂区没有圣洗槽
有些地区的堂区或家庭，没有设置这种设施。此时，可这样做：
将圣水带到室外找一个安静、洁净、恭敬的地方（在堂区院内或自家院落都可以）
若在家，可先挖一个小坑，将圣水倒入土里
务必倒在泥土上，而不是普通排水沟、污水槽或不洁净之处
这样做，是因为圣水曾被祝福过，用于祈祷与守护，我们仍应以端肃的心处理。
三、绝不能把受污染的圣水倒进：
厕所、厨房水槽、马路排水沟、垃圾堆、下水道
这些地方都不合适，也不够恭敬。
四、倒完圣水之后
将容器彻底清洗、擦干，再重新盛上干净的水，请神父重新祝圣
为何需要如此谨慎？
圣水是圣物，是为祈祷、守护和平安而祝福的。即使她因时间或外在因素而变得不再洁净，我们仍以恭敬之心对待——因为它曾用于协助信友祈祷，在灵修生活中有其神圣意义。